Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件


            



# -*- coding: utf-8 -*-

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Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015



@author: chaofn

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import os



"""

这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件）

批处理

将pdb文件生成dssp文件



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#listdir返回文件名的列表

fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')

#遍历整个列表

for i in range(len(fileLine)-1):

  #将字符串用变量表示

  input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]

  #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名

  out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'

  output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file

  #注意：参数的传递（先是%s，然后是%变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用%

  os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))