Ubuntu+python将nii图像保存成png格式


						这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法：

http://www.zwyuanma.com/article/165692.htm

系统：Ubuntu 16.04

软件： python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。





import nibabel as nib

import numpy as np

import imageio

import os

 

def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件

 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件（其实是提取文件）

 img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据

 return img_fdata

 

def save_fig(file):     #保存为图片

 fdata = read_niifile(file)  #调用上面的函数，获得数据

 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）

 for k in range(z):

  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片

  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)

          #将切片信息保存为png格式

 

dir = './.nii'      #nii的路径

savepicdir = ''      #保存png的路径

os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹

save_fig(dir)      #运行程序，保存为图像





不要忘记返回img_fdata，否则下一个文件会报错。

以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助，也希望大家多多支持中文源码网。