python 提取文件指定列的方法示例


						之前用featureCount 处理得到结果，要提出第一列gene_id 和 readcount 列，首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行，没有用，用bash批量删掉。





for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done



删除当前文件夹下所有文件第一行。



其实提出两列很简单，不过我受够了每次一个文件执行一次的烦。想搞成别的程序调用时命令行参数直接就行。第一次知道sys.argv这玩意，学到了。

我设置了 -i 输入，-o 输出 这两个参数来判断输入输出文件个数，不过对于错误命令行输入的判断还很欠缺，毕竟只有自己用。

上代码：





import sys

leng=len(sys.argv)

for i in range(leng): # index the input file and output file location,maybe it's too complex

 if sys.argv[i]=="-i":

 it=i

 if sys.argv[i]=="-o":

 out=i

for i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file)

 print(sys.argv[i])

 file=open(sys.argv[i],'r')

 f=open(sys.argv[i+out-it],'w')

 count=[]

 for lines in file.readlines():

 two=[]

 lines=lines.rstrip('\n')

 b=lines.split('\t')

 two.append(b[0])

 if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem

  b[6]="count"

 two.append(b[6])

 s='\t'.join(two)

 f.write(s+'\n')

 f.close







其实python里面 str 和list 弄的还是昏头昏脑的，每次都要错了再改。



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